由于医保基金有限，不可能覆盖所有的医疗需求，因此为保障参保人员的基本医疗用药需求，合理控制医疗费用支出，规范基本医疗保险用药、诊疗等方面的管理，保证基本医疗保险制度的健康运行，医疗保障部门规定了基本医疗保险对药品、诊疗项目和医疗服务设施的报销范围，俗称“三个目录”。
参保人员使用药品、发生诊疗项目或使用医疗服务设施发生的费用，如果属于“三个目录”内的，可以按规定进行报销；不属于“三个目录”内的，医保不予报销。
医保药品目录中的药品还分“甲类”和“乙类”，两个分类的药品在计算报销金额时，纳入报销范围的比例也不同。
医保药品目录内的甲类药品是临床治疗必需、使用广泛、疗效好，同类药品中价格低的药品。参保人使用这类药品时，可以全额纳入报销范围，按规定比例报销。
乙类药品是可供临床治疗选择使用、疗效好，同类药品中比甲类药品价格高的药品。参保人使用乙类药品时，要先按比例扣除一定的个人自付费用后，将余下费用再纳入报销范围，按规定比例报销。