1. 三港一市体制错位： 广西北部湾经济区存在明显的制度错位问题。北部湾港包括三个港口：北海港、钦州港和防城港。这三个港口很近。特别是防城港与钦州港之间的水距不到20公里，是同一腹地。南宁市作为北部湾的核心城市，位于大后方，没有海港，无法发展海洋经济，与北部湾经济开发区有一定差距，在这种情况下，当前的发展模式急需改变。在制度上，三港一市四个独立的行政制度与区内的统一规划和总体战略不一致。三港一市四个独立的行政体系与区域内的统一规划和总体战略在一致。这迫切需要突破区域发展瓶颈，解决体制错位问题。
2.产业水平低，转型升级难度大： 目前，广西北部湾经济区仍处于工业化中期，产业水平较低，先进制造业规模较小。除南宁市外，其他五个城市的产业都偏向传统制造业，受当地生产力水平低、经济总量少的限制，长期以来一直向工业化后期过渡，因此，北部湾经济区实现产业转型升级是一项艰巨的任务。