公司制私募基金既有利于聚集社会广大的闲散资金，进行规模化投资运作，又有利于抵抗资本市场的投资风险，从而提高资本收益的回报率。例如美国巴菲特的伯克夏·哈撒韦公司就是典型的公司制私募基金。
但公司制私募基金的主要不足是双重纳税，即公司需要缴纳各种企业所得税而投资者须就分红缴纳个人所得税。这在一定程度上既抑制了股东的投资积极性，同时又限制了股份投资公司的规模效应。
对大型私募基金来说，如果采用一个专用账户来运作，由于风险较高，难以获得投资人的认同。这样，它们往往不得不采用公司制形式，所以运营成本相对较高。目前，这类公司型私募基金实际上面临着双重纳税的问题：既要缴纳33%的企业所得税，同时在分红时还要缴纳个人所得税，另外还得面临着作为公司要应付的年检等一大堆麻烦事情。显然，这部分私募基金的运营成本要比公募基金高出许多。