1、投资标的不同
短债基金一般都是短期纯债基金，一般会将90%的资产投资到债券市场，如投资国债、企业债、金融债等，而货币基金主要投资于国债、央行票据、存单等短期一年以内的货币工具。
2、期限不同
货币基金自成立后，一般是没有期限的，只要产品还在运作，那么基金都可以持续申购和赎回；而短债基金一般有期限，到期之后可能就要换下一期产品投资。
3、风险和收益不同
正常情况下，纯债基金的收益和风险都高于货币基金，因为纯债基金可能会投资到交易型债券和可转债等，而货币型基金的波动更小。
4、估值方法不同
大部分货币基金的估值方法都为摊余成本法，债券的利息收入“分摊”至每一天，因此货币基金的净值一般不会出现回撤。