1.地址不同：深圳站是深圳火车站，位于广东省深圳市罗湖区，靠近罗湖港，乘地铁1号线到达；深圳北站位于广东省深圳市龙华新区民志街北站社区，可乘地铁4号线.施工时间不同：深圳站于1990年6月开工改造，1991年10月投入使用。改造后，增加到4个平台和8条股道，建筑面积9万平方米；深圳北站于2007年开工建设，2011年6月22日投入使用，占地240万平方米。
3.不同路线：深圳站路线包括广深铁路、京九铁路、九广铁路；深圳北站开通广深港高铁、厦深铁路、杭深铁路、规划中的深茂高速铁路、规划中的汕深港铁路、规划中的昌吉赣铁路、规划中的赣深铁路、深莞城际铁路、深惠汕轻轨。
4.广州站不同：深圳站只能乘火车到广州东站和广州站。深圳北站到广州只停在广州南站。