1、机构不同：基金托管行一般是银行机构，部分私募基金托管人一般是信托机构；而基金代销机构有天天基金、支付宝、、爱基金、京东金融、银行、券商等。
2、职能不同：基金托管行是委托保管基金资产的机构，它依据管理人的指令进行清算和交割，保管基金资产；而基金代销机构是第三方销售，主要负责销售基金。
3、收费不同：基金托管费按一定比例在基金资产中提取，按日提取，按月支付；而基金代销机构收取的是销售服务费，销售服务费也是按一定比例在基金资产中提取，按日提取，按月支付的，不过基金托管费和基金销售服务费费率不同（具体以各基金为准）。