基金的治理架构是在所有权和控制权分离的条件下，为调动利益相关者的积极性以提高经营绩效，而以委托合同关系为基础，在基金所有者的利益相关者之间合理配置权责利的一种制度安排。目前国内企业可能存在的问题：
1、未有建立完善的合伙人会议架构
2、未能建立完善的基金内部控制系统及程序
3、缺乏良好的内部和外部审计系统
4、企业没有完全符合国家法律及规则
5、管理公司缺乏对小合伙人负责任的态度，需要提高基金的透明度以建立基金良好的公众形象
结构的设置：
1、内部审计委员会
对内部控制制度的建立健全及执行情况进行监督；
对招募说明书中的项目履行情况进行核实；
有权提议聘请外部审计师实施内审。
2、独立委员制度的执行
至少有两名投资决策委员会成员；
对全体合伙负责，维护中小合伙人利益直接与监管机构及进行沟通。
股权结构及外部影响：
1、合伙出资结构的非透明管理；
勿须对最终受益人及投票权掌控公开披露；
基金财务对合伙人定期披露。
2、合伙人结构及外部影响
防止控股合伙人对基金对外投资的产生重大影响；
合伙人会议是基金最高战略决策机构；
投资决策委员会是对外投资最高决策机构。