基金托管业务和代理业务都是商业银行的中间业务，银行是资产的中间人，按照资产所有人的要求开展业务，收取一定的手续费，但是他们的区别还是很大。
1、托管业务的资产形式主要是股票、债券等金融工具；代理业务的资产形式往往以客户要求的金融工具或资金的形式为主。
2、托管业务得以开展的基础式基金契约、托管协议等，涉及多方参与人。代理业务一般只有委托人和银行两方当事人。
3、托管人与基金管理人之间的业务是透明的，相互衔接而又相互监督。代理业务没有这方面的要求。
4、托管基金的资产要完全独立。代理业务没有这方面的要求。
5、托管关系不能由任意一方单方面解除。代理业务关系的解除比较容易。