货币基金和同业存单基金的区别在于：
1、投资的类型和投资标的不同
同业存单基金是指将基金80%的基金资产投资到AAA级别的同业存单中，而货币基金是指将80%以上的基金资产投资到：银行存款、票据、存单，这里的存单并不一定是AAA级别的。
2、收益和风险性不同
从目前上市的情况来看，同业存单指数基金的收益跑赢了货币基金的收益，收益和风险都是对等的，所以同业存单指数基金的风险略高于货币基金。
3、流动性不同：
货币基金的流动性更高，因为货币基金可以随时赎回，而同业存单基金有持有期限，最短持有期限为7天，也就是说7天内不可以赎回。
对于投资者来说，如果觉得货币基金的收益低，债券基金也有风险，那么同业存单基金就是折中的一种投资方式。