在主权财富基金日趋活跃的同时，它们也面临一些极大的风险与挑战，包括特殊的价格风险、市场风险与政治风险。
首先，主权财富基金与一般投资基金的一个重要区别是树大招风，其一举一动都会格外引人注目，很难在市场上维持匿名性与私密性。市场一旦获知某主权财富基金有意投资某资产或证券，该资产的价格就会上涨，从而增加主权财富基金的投资成本。其次，主权财富基金的投资大部分分布在其他国家，因其敏感的政府背景，往往会引起东道国各方面的猜疑、无形的阻力甚至公开的敌意。