对于场内ETF基金，ETF手续费为交易费用不高于成交金额的2.5‰或者是5元起步，即交易费用不足5元时便收取5元，高于5元的时候便收取不高于交易金额2.5‰的交易费用，具体情况视证券公司的具体规定。对于场外ETF，需要收取申购费用和赎回费用，多数基金总费用在成交金额的2%以下。
ETF基金手续费主要包括两部分：
一、交易费
ETF基金是以场内交易的方式进行份额交易，所以避免了基金公司从中收取申购费以及赎回费。它拥有跟股票一样灵活的交易功能，交易手续费可以按照股票交易手续费计算，出让、受让方双向收费两者加起来也只有0.5‰，不到基金的十分之一。
二、管理费
ETF基金的管理费通常只有0.5%，而基金公司发行的场外基金的管理费大多数都在每年1%以上。